کاپیتان سوباسا داستان پرشور دانش آموز مدرسه ابتدایی هست که افکار و رویاهاش تقریبا به عشق فوتبال می چرخد. سوباسا اوزارو 11 ساله فوتبال را از سنین کودکی آغاز می کند, اگرچه این ورزش برای دوستانش فقط یک ورزش تفریحی بود اما برای سوباسا عشق و زندگی بود. سوباسا به منظور دنبال کردن رویاهای خود به بهترین شکل ممکن در مدارس ابتدایی, به همراه مادر خود به سمت شهر نانکاتسو حرکت می کند, که به خاطر تیم های عالی فوتبال دبستان بسیار مشهور است. اپرچه او در شهر خود به راحتی بهترین بازیکن بود, اما نانکاتسو رقابت بیار بیشتری دارد و برای نشان دادن خود به همه مهارت و استعداد خود نیاز دارد.

او نه تنها با رقبا رو به رو می شود بلکه دوستان جدیدی مانند دختری زیبا بنام سانائه ناکازاوا و دروازه بان با استعداد, بنام گنزو واکابایاشی که به همان اشتیاق سوباسا هست را ملاقات می کند.