کایتو کوروبا، یک دانش آموز دبیرستانی معمولی است که معمولا پدرش پیشش نیست. وقتی پدرش به طرز اسرار آمیزی می میرد او از هویت مخفی پدرش آگاه می شود؛ یک مجرم بین المللی معروف که به عنوان مجرم بین المللی 1412: دزد شبح، شناخته می شود و او به دست یک سازمان اسرار آمیز به دلیل این که به آن ها در دستیابی به یاقوت پاندورا کمک نمی کند کشته می شود، که یک سنگ عرفانی است که موقع عبور یک شهاب سنگ از خودش قطراه ای آزاد می کند که باعث جاودانگی می شود.
او قسم می خورد نگذارد دست سازمان به آن یاقوت برسد و هویت پدرش را برای خودش برمی دارد و جستجویش برای یاقوت را شروع می کند.