پسري نوجوان به نام “ناتسومه تاکاشي”، از دوران کودکي‌اش مي‌توانست “ارواح” را ببيند، اما مخفي نگهداشتن اين توانايي، زندگي را براي او مشکل کرده است. ولي زماني که “تاکاشي” کتابي به نام “Book of Friends” يا “کتاب دوستان” را از مادربزرگش “ناتسومه ريکو” به ارث مي‌برد، همه چيز تغيير مي‌کند. او درمي‌يابد که مادربزرگش، “ناتسومه ريکو”، قدرتي همانند او داشته و مي‌فهمد چرا هميشه “ارواح” خوب و بد به سراغ او مي‌آيند.بعد از پي بردن به معناي واقعي “کتاب دوستان” که به او اجازه مي‌دهد ارواح ليست شده در صفحات آن را کنترل کند، “ناتسومه” سفري را به همراه محافظ خود، “مادارا”، روح بد‌نام، در پيش مي‌گيرد تا ارواح را از قراردادشان با “ريکو” آزاد کند .